Các bộ phận chính của hệ thống gồm đĩa phanh, piston chính và piston con, má phanh, ống dẫn, tay phanh và mắt thăm dầu. Cơ cấu được thiết kế khép kín, mỗi chi tiết đều chi phối hiệu quả vận hành chung. Vì vậy, khi sử dụng và bảo dưỡng cơ cấu, có một số điểm cần lưu ý.
Bệnh thường gặp là xi-lanh bị hỏng lớp xi mạ, dẫn đến kẹt piston, làm bó hoặc trơ phanh, trường hợp này phải thay piston mới. Phốt piston cũng hay bị hỏng, loại của Trung Quốc giá 15.000/cặp. Đĩa Phanh dùng lâu hoặc bị va chạm có thể mòn hoặc vênh, thay thế khá đắt, đĩa cũ của Yamaha giá 200.000 đồng còn cả bộ mới của Trung Quốc là 400.000 đồng. Trên thị trường có bán cơ cấu giảm áp (không phải hệ thống chống bó cứng phanh ABS), giúp cho phanh mềm hơn, có thể mua bộ này, thuê thợ lắp vào xe.
Phanh dầu hỏng khó chữa hơn phanh cơ và cũng chỉ có thợ quen việc mới nhận làm, đây là khó khăn cho người sử dụng. Để hạn chế hư hỏng, chủ xe nên lưu ý mắt thăm dầu để thêm ngay khi bắt đầu thiếu, thay má phanh mòn. Chỉ được thêm loại dầu phanh nhà sản xuất đã chỉ định dùng cho xe. Trên thị trường có các loại dầu của Hà Lan, Italy, Nga, Việt Nam... loại của Hà Lan giá khoảng 26.000 đồng. Nên đến các thợ chuyên sửa phanh dầu để chữa hoặc xin tư vấn về các trục trặc, không tự ý đổ thêm hoặc thay loại dầu khác. Chú ý khi vệ sinh hệ thống không dùng xăng dầu mà rửa bằng nước xà phòng.