Điểm bất lợi khi chế biến thức ăn dặm bằng lò vi sóng là thực phẩm được nấu chín với số lượng nhỏ; nhiều chất dinh dưỡng bị mất do nhiệt độ cao. Tuy nhiên, mùi vị và giá trị dinh dưỡng trong hầu hết các loại rau xanh lại khá tốt khi được so sánh với một số phương pháp khác.
Số lượng chất dinh dưỡng bị phá hủy qua lò vi sóng phụ thuộc vào từng loại thức ăn. Một số loại lại giữ được chất tốt hơn dùng cách hấp (luộc) nhưng có loại lại mất khá nhiều chất; chẳng hạn, súp lơ xanh (bông cải xanh) là loại rau bị bay mất phần lớn chất dinh dưỡng nếu được nấu qua lò vi sóng.